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斑马鱼产品
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产品简介本试剂盒是基于T7 RNA聚合酶的RNA体外转录试剂盒,它利用含有T7启动子的模版DNA,以NTP为底物,从T7启动子下游开始合成与模版DNA中一条链互补的RNA,简单快速获得大量的RNA分子。它具有下列特点:
1. 即开即用,用户只需提供含T7启动子的DNA模板即可以进行体外转录实验不需要单独准备每一个成份。
2. 单溶液预配液,减少加样次数,避免了操作误差,增加了可重复性。
3. 模版DNA可以是线性化的质粒DNA,也可以是PCR扩增产物。
4. 可以合成的RNA的最佳长度在20nt到2000nt之间。
5. 产品配方经过精心优化,每1μg DNA模版可以合成2~6μg RNA。
6. 得到的RNA可用于RNA结构研究、体外翻译、RNA蛋白质相互作用、反义技术、SELEX和RNA干扰(RNAi)等实验。
产品组成成分| 规格 | 20T | 100T |
| 2xT7 In Vitro Transcription Mix | 0.2ml | 1m |
| Nuclease-free Water | 1ml | 2x1ml |
操作步骤(仅供参考)一、制备DNA模板(本试剂盒不含所需试剂,此处信息仅供参考)
PCR片段和质粒DNA都可以用作体外转录的模板,但是必须注意以下几点:
A、必须使用线性化的DNA。如果是质粒DNA,则必须先用适当的限制性内切酶切成线状。
B、需要转录的DNA序列的上游必须有T7启动子。如果模板是PCR产物,则可以在设计引物时将T7启动子序列5′TAA TAC GAC TC A CTA TAG GG 3′加上。如果是将DNA片段克隆到载体上,则需要选择有T7启动子的载体,并且克隆位点必须位于T7启动子下游。
C、需要转录的DNA序列下游端最好不要是3′突出。如果是3′突出(比如选择Pst I来线性化质粒),则最好用T4 DNA聚合酶修平。
D、必须保证DNA模板中没有RNase。由于提取质粒DNA的过程中一般要使用大量的RNase A,因此质粒DNA一般都有严重的RNase A污染,所以在用作模板前,最好采取胶回收的方法纯化质粒DNA。并且加入少量总RNA一起保温然后电泳检测RNA是否被降解,以此来判断纯化的DNA模板是否有残留RNase A。如果有RNase污染,则必须反复酚氯仿抽提去除残留的RNase然后再乙醇沉淀质粒DNA。
二、体外转录反应
1. 如果有N个样品,强烈建议做一个阴性对照,故共设置N+1个反应,这样一起并排电泳时容易判断哪个条带是模板DNA,哪个条带是转录扩增得到的RNA。在N+1个RNase-free的塑料离心管中,在室温下(不是在4℃下)按次序加入下列成分:
注意:2x T7 In Vitro Transcription Mix容易产生结晶,沉淀一定要握在手中直到结晶彻底溶解并摇匀后方可使用。
| 成分 | N个样品管 | 阴性对照管 |
| DNA模板 | 100-500ng左右的PCR片段或线状质粒 | - |
| 2xT7 In Vitro Transcription Mix | 各10μL | 10μL |
| Nuclease-free Water | 至20μL | 至20μL |
注意:此为20μL反应体系的用量,对其他反应体系,各成分的用量可以按比例增减。本产品的2xT7 In Vitro Transcription Mix已经含有NTP。如果需要标记RNA探针或制备带帽RNA,则需要订购NTP分开的试剂盒。
2. 37℃保温2-12小时
注意:延长保温时间并不能大幅提高产量。
3. 加入2μL自备的500mM的EDTA溶液灭活T7 RNA聚合酶。
4. 取5μL电泳,此时最好加上一个DNA模板做电泳对照。电泳时比阴性对照多出的条带就是转录扩增得到的RNA,由于合成的RNA长度不均匀,即使长度均匀,但由于自身形成发夹结构,泳动速度也不一致,所以电泳所得RNA条带一般都不是清晰单一条带,而是比较弥散的电泳条带。但由于RNA是单链,分子量比同样长度的DNA小一倍,因此RNA一般比其双链DNA模板电泳速度更快。
5. 定量,可以用自备的单链RNA定量试剂盒检测浓度。不推荐使用电泳定量。使用本试剂盒时1μg的DNA模板一般可以合成2-6μg的RNA。
6. 得到的RNA可以放80℃保存。如需去除DNA模板,请按下面步骤操作。
三、去除DNA模板(所需试剂需要另购)
1. 在20μL体积的体外转录体系中加入2μL的10×DNase I Buffer和1μL自备的RNase-free DNase I 3-5U/μL。
2. 37℃保温30分钟。
3. 补RNase-free水到100μL。增加体积可以减少样品的丢失。
4. 用自备的等体积100μL的Tris饱和酚和氯仿震荡混匀后14000g离心3分钟将上清转移到新的离心管中。此步去除DNase和RNA聚合酶。
5. 加自备的200μL无水乙醇和10μL 3M的乙酸钠溶液(pH5.2),振荡后14000rpm离心20分钟,RNA形成沉淀,弃上清。
6. 在沉淀中加入1mL 75%乙醇,震荡10秒后14000g离心5分钟,弃上清。
7. 短暂离心数秒,用枪头吸弃上清。不要丢失沉淀。
8. 晾干,所得沉淀即体外转录所得的RNA。
去除DNA模板也可以用PCR产物纯化回收试剂盒。
储存与保存长期保存,请置于-20˚C,有效期12个月。使用后请及时放入-20˚C保存以保证酶的活性。
常见问题1. 没有RNA产物。
可能原因是模板有RNase污染,可用纯化好的RNA跟模板DNA一起保温再电泳,再检测其是否有污染。
2. RNA产量低。
可能原因是DNA模板序列导致。在转录序列的第一个和第二个碱基最好都是G,在前14个碱基内避免有U存在。
3. RNA长度比预期的短。
可能是模板序列中有T7 RNA聚合酶的终止序列。
4. RNA长度比预计的长。
T7 RNA聚合酶跟Taq DNA聚合酶一样,有不依赖于模板的加尾功能,最多有一半的RNA可以带一个或两个碱基的尾巴。如果RNA长度比预计的长很多,使用的模板又是质粒DNA,则可能是质粒线性化不彻底。
5. 5′单磷酸还是三磷酸?
如果使用GTP,则得到的RNA是三磷酸,体外转录时如果保温时间太长(如12小时),则有50%的三磷酸会变成单磷酸。如果在转录体系中加入GMP,则T7 RNA聚合酶将优先使用GMP,所得RNA产物中5'端是单磷酸的比例将大大增加。
6. 用体外转录试剂盒如何得到带帽RNA?
需加入带帽NTP类似物即可。
注意事项1. 由于涉及RNA操作,需要严格按照RNA操作的规范进行,避免RNase污染,相关试剂和耗材需要经过DEPC处理以去除RNase或者确保是RNase free的。
2. 如果希望合成加帽的RNA,须自备Cap analog,如m7(3’-O-methyl)-G(5’)ppp(5’)G等。
3. 如果希望合成生物素、地高辛、FITC、Cy3等标记的RNA或带有特殊修饰的RNA,相应的修饰NTP需要自备。
4.我司生产的生化试剂如无特殊标注,基本为非无菌包装,若用于细胞实验,请提前做好预处理。需低温保存的产品,一旦配成溶液,请分装保存,避免反复冻融造成的产品失效。
5.本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。
6.为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。
7.实验结果受多种因素影响,相关处理仅限于产品本身,不涉及其他赔偿。
备注:由于产品信息可能会有优化升级,请以实际收货标签信息为准。



